مرکز تحقیقاتی جواد الائمه علیه السلام در سال 1377 تأسیس و با استعانت از خالق بی¬همتا و همچنین با تلاش و جدیّت حضرت استاد مهدی احدی «دام ظله»، در جهت رشد فکری و علمی جامعه اسلامی، فعالیت خویش را آغاز نمود.
این مرکز در سه بخش اساسی، فعالیت خود را آغاز نموده است که به قرار زیر است:
بخش تحقیقات: در این بخش، عده ای از محققین، با مراجعه به کتابهای مختلف تفسیری و غیر تفسیری و همچنین مطالعه ی مقالات تخصصی و غیره، مشغول پژوهش و در نهایت ارائه ی تحقیقات خویش برای تالیف کتاب «تفسیر فروغ» می باشند که این فعالیت، بخش عمده و وظیفه ی اصلی علمی آنها را تشکیل می دهد. همچنین عده دیگر از پژوهشگران در زمینه های مختلف معارف اسلامی مشغول به تحقیق و پژوهش هستند که تا کنون حاصل این پژوهش 50 عنوان کتاب در موضوعات مختلف که نیاز اصلی جامعه اسلامی و جهانی می باشد، به چاپ رسیده است.
بخش آموزش: در این بخش آموزشِ تخصصی تفسیر قرآن کریم به شیوه ای جدید و کم سابقه- و با هدف پرورش محقق و مدرس تفسیری در جهت سامان¬بخشی به نیاز دانشگاهها و مراکز علمی سراسر کشور و نیز انجام پروژه های قرآنی زیر نظر اساتید مجرب، باسابقه و خوش ذوق- فعالیت خود را ادامه می دهد.
بخش فرهنگی: هدف از راه اندازی این بخش، پاسخگویی به مسائل شرعی و اعتقادی و نیز مشاوره های دینی و خانواده است که به دو صورت حضوری، تلفنی و اینترنتی مشغول پاسخگویی به مراجعین محترم می باشد.
سیاسیت های راهبردی مرکز
• تمسک به تعالیم انسانساز قرآنکریم و معارف اهل بیت علیهم السلام و تلاش در جهت تقویت ایمان و اعتقاد افراد جامعه به قرآن و عترت
• تعمیق معرفت عمومی، تعمیم فهم، درک و تدبر قرآنکریم
• تلاش در جهت عملي شدن فرهنگ قرآن و عترت در ابعاد فردی و اجتماعی
• اشاعه و ترویج آیات و مفاهیم قرآن کریم در حوزهی فرهنگ عمومی و تجلی آن در نمادسازی، محاورههای مردمی، تبلیغات رسانه‌ای و ...
• معرفی و بازشناسی فرهنگ مهدویت و هدایت جامعه به سمت فرهنگ انتظار
• تطبیق مبانی اندیشه های اسلامی در مقاطع علوم انسانی بر قرآن
• برقراری گفتمان قرآن در محیط های اجتماعی
• پرورش اساتید در حوزه علوم انسانی و معرض آن به جامعه دانشگاهی
• برقراری گفتمان قرآنی
• ایجاد پایگاه استنباط در حوزه فقه و سایر علوم
• افزایش توانمندی طلاب در تبلیغ و تدریس و اداره امور جامعه

ساختار مرکز
شرح وظايف معاونتها، عبارت است از:
الف) معاونت آموزش:
1. اداره امور آموزشي
2. برنامه‌ريزي امور آموزشي با همكاري ساير بخش‌ها و اجراي آن
3. نظارت بر حسن اجراي برنامه‌ها، مقررات و آيين‌نامه‌هاي آموزشي
4. پيشنهاد آيين‌نامه‌هاي مورد نياز آموزشي، به شوراي واحد آموزشي
5. برنامه‌ريزي توسعه رشته‌ها، گرايش‌ها و دوره‌هاي تحصيلي و پيشنهاد آن به شوراي واحد آموزشي، جهت تأييد
6. ارزيابي عملكرد آموزشي طلاب، اعضاي هيئت علمي و مديران گروه‌هاي آموزشي
7. بررسي و تصويب پايان‌نامه‌هاي طلاب
8. برنامه‌ريزي و اجراي دوره‌هاي كوتاه‌مدت آموزشي، پس از تأييد شوراي واحد آموزشي
9. برنامه‌ريزي براي ارتقاي كيفيت آموزشهاي ارائه‌شده
10. بررسي سالانه امكانات علمي مورد نياز، طبقه‌بندي آنها و ارائه به شوراي واحد آموزشي
11. ارائه گزارشهاي موردي و دوره‌اي از فعاليتهاي معاونت آموزش

ب) معاونت پژوهش:
1. اداره امور پژوهشي
2. برنامه‌ريزي امور پژوهشي با همكاري ساير بخش‌ها و اجراي آن
3. نظارت بر حسن اجراي برنامه‌ها، مقررات و آيين‌نامه‌هاي پژوهشي
4. پيشنهاد آيين‌نامه‌هاي مورد نياز، به شوراي واحد آموزشي
5. ارزيابي عملكرد پژوهشي طلاب، اعضاي هيئت علمي و مديران گروه‌هاي آموزشي
6. ارائه خدمات پژوهشي
7. ارزيابي و سنجش توانمندي علمي و پژوهشي دانش‌آموختگان
8. برنامه‌ريزي جهت استفاده اعضاي هيئت علمي از فرصتهاي مطالعاتي و بورس تحصيلي
9. همكاري در برگزاري سمينارها و كنفرانس‌هاي علمي
10. مديريت امور كتابخانه‌ها و بانكهاي اطلاعاتي
11. ايجاد امكانات و تسهيلات لازم براي چاپ و نشر آثار علمي، تأليفات، ترجمه‌ها و مقالات تحقيقي اعضاي هيئت علمي و پيشنهاد آيين‌نامه و ضوابط
12. گسترش و اشاعه فرهنگ پژوهش بين طلاب و اساتيد
13. ارائه گزارشهاي موردي و دوره‌اي از فعاليتهاي معاونت پژوهش

ج) معاونت تهذيب و امور فرهنگي:
1. اداره امور تهذيبي و فرهنگي
2. برنامه‌ريزي امور تهذيبي و فرهنگي با همكاري ساير بخش‌ها و اجراي آن
3. نظارت بر حسن اجراي برنامه‌ها، مقررات و آيين‌نامه‌هاي تهذيبي و فرهنگي
4. پيشنهاد آيين‌نامه‌هاي مورد نياز، به شوراي واحد آموزشي
5. ارائه مشاوره به طلاب
6. نظارت بر فعاليتهاي فرهنگي، سياسي و اجتماعي واحد آموزشي
7. برنامه‌ريزي براي گسترش و تعميق ارزشهاي اسلامي و انقلابي در همه سطوح
8. ارتباط و همكاري با ساير نهادها براي شكوفايي فعاليتهاي تهذيبي و تربيتي
9. انجام امور رفاهي و فوق برنامه طلاب
10. ارائه گزارشهاي موردي و دوره‌اي از فعاليتهاي معاونت تهذيب و امور فرهنگي

د) معاونت اجرايي:
1. انجام امور اداري و مالي واحد آموزشي
2. برنامه‌ريزي به منظور بهينه‌سازي مصرف و تعديل هزينه‌هاي جاري
3. مديريت منابع انساني، شامل پيگيري جذب و استخدام، آموزش نيروي انساني، انجام ارزش‌يابي عملكرد كاركنان، و تأمين تسهيلات رفاهي
4. فراهم‌آوردن تسهيلات و ارائه خدمات رفاهي به اعضاي هيئت علمي
5. تأمين، ‌اصلاح و نگه‌داري تأسيسات
6. پيگيري امور احداث ساختمانها و طرحهاي عمراني، تجهيز و نوسازي آنها
7. انجام امور حقوقي واحد آموزشي
8. تنظيم بودجه ساليانه با همكاري ساير معاونتها
9. انجام كليه فعاليتهاي كارپردازي
10. تنظيم دفاتر مالي، كنترل و نظارت بر مصرف صحيح بودجه
11. ارائه گزارشهاي موردي و دوره‌اي از فعاليتهاي اجرايي

مروری بر برخی از فعالیت های مرکز
الف: در بخش پژوهش
1- جدول ذیل نشان دهنده موضوعات کار شده توسط این مرکز در بخش پژوهش می باشد:

1 تفسیر فروغ ج1(آیه بسم الله الرحیم الرحیم)
2 تفسیر فروغ ج 2 سوره فاتحه
3 تفسیر فروغ ج 3 آیه یکم تا 5 سوره بقره
4 تفسیر فروغ ج 4 آیه 5تا20 سوره بقره
5 تفسیر فروغ ج 5 آیه 21 تا 25 سوره بقره
6 حماسه عاشورا 3 جلد
7 آموختنی هایی از عاشورا
8 ابعاد معنوی حادثه کربلا
9 عنوان الکلام
10 تکامل عملی
11 هزار روضه از عاشورا
12 جوانان و ازدواج با خویشتن
13 عرفان اهل بیت علیهم السلام ج1
14 عرفان اهل بیت علیهم السلام ج2
15 کاملترین تلخیص نموداری جواهر البلاغه
16 پرتوی از معجزات امام حسین علیه السلام
17 تلخیص کفایة الاصول دو جلد
18 شوق دیدار
19 مشق عاشقی
20 سلوک خانواده(بررسی خانواده از دیدگاه عارفان)
21 نظارت همگانی، نظارت ملی
22 حکومت اسلامی
23 جوانترین امام سمبل جوانان
24 تَهَیُّم(قویترین نیروی کنترل نفس)
25 چشمه زلال 3 دی وی دی
26 چشمه زلال 4 دی وی دی
27 چشمه زلال5 دی وی دی
28 شرح توحید صدوق (عرفان اهل بیت) دی وی دی1
29 شرح توحید صدوق (عرفان اهل بیت) دی وی دی2
30 اطمینان نفس
31 توازن عملی
32 دانش جامعه شناسی در سوره حمد
33 دانش ریاضی،سیاسی،نجومی در سوره حمد
34 دانش اعتقادی در سوره مبارکه حمد
35 دانش اخلاقی در سوره مبارکه حمد
36 دانش روان شناسی در سوره مبارکه حمد
37 دانش عرفانی در سوره مبارکه حمد
38 دانش کلامی در سوره مبارکه حمد
39 دانش تفسیری در سوره مبارکه حمد
40 دانش فقهی، حقوقی در سوره مبارکه حمد
41 سیره ماه مبارک رمضان و روزه داران
42 عید تا عید(از ولادت تا ظهور امام مهدی عج)
43 دانش ادیان، مذاهب و تاریخی در سوره حمد
44 عقل اشراقی عقل تحصیلی(پیوند علم و دین)
45 سفر برزخی انسان دی وی دی
46 کلید سخن وران
47 یاد خدا گوهر آرامش
48 منشور حوزه و روحانیت(سخنان مقام معظم رهبری)
49 قواعد تفسیر
50 علل انحراف در جامعه اسلامی
51 مفهوم جهاد و بیداری اسلامی
52 زبان از دیدگاه عرفان
53 عشق و عفت
54 نفاق و جنگ نرم از دیدگاه قرآن(بر اساس 10رشته علمی)
55 تفسیر ترتیبی (30 جزء، در 30 جلد)

2- برگزاری همایش های عملی-پژوهشی
الف: همایش بین المللی امام سجاد ع
این همایش در سال 1390 با همکاری اداره کل ارشاد استان هرمزگان درآن استان برگزار شد. در این همایش که از علمای شیعه و سنی در سطح بین المللی دعوت گردید، و مباحث عرفانی-اخلاقی آن امام همام، تحقیق و پژوهش شد که بالغ بر 130 مقاله از مراکز علمی کشور به دبیرخانه همایش ارسال گردید همچنین اساتید حوزه عملیه قم مانند حجج اسلام غرویان، نظری منفرد، دهقان، احدی، مقالات ارزنده ای از سوی آنها تدوین و به دبیرخانه ارسال گردید.

ب: افتتاحیه تخصصی تفسیر و رونمایی از جلد چهارم تفسیر فروغ با حضور آیت الله حسینی بوشهری

ج: همایش نواندیشی
پس از گذشت 10 سال از بنیان این مرکز، نخبگانی که در طی این ده سال از این مرکز به جامعه معرفی شده بودند و هر کدام در عرصه های مختلف مشغول به فعالیت گشتند، در همایشی با عنوان «نواندیشی» گرد هم آمدند و با شعار «شگفتی های قرآن هرگز تمام نمی شود و نوآوری های آن به کهنگی نمی گراید» در راه تبلیغ موضوعات ناب قرآنی، هم فکری و هم اندیشی نمودند.
این همایش با حضور حضرت آیت الله حسینی بوشهری و جمعی از اساتید سطوح عالی و خارج حوزه علمیه قم در سال 1387 برگزار شد.
برخی از نخبگان مرکز:
1. حجت الاسلام و المسلمین ستوده، رئیس سازمان تبلیغات اسلامی استان اردبیل و استاد حوزه-دانشگاه
2. حجت الاسلام و المسلمین عسگری، استاد دانشگاه
3. حجت الاسلام و المسلمین طالبی، عضو هیئت علمی دانشگاه تبریز
4. حجت الاسلام و المسلمین باقرزاده، مدیر موسسه فرهنگی طهورا(حجاب و عفاف)
5. حجت الاسلام و المسلمین بیاتی، رئیس بخش برنامه های حجاب و عفاف سازمان صدا و سیما
6. حجت الاسلام و المسلمین رفیعی، استاد سطوح عالی حوزه علمیه قم
7. حجت الاسلام و المسلمین، قاسمیان، استاد حوزه و دانشگاه(مشهد)
8. حجت الاسلام و المسلمین، چیتگر، پژوهشگر و استاد سطوح عالی حوزه علمیه قم
9. حجت الاسلام و المسلمین غلامی، پژوهشگر و استاد سطوح عالی حوزه علمیه قم
10. حجت الاسلام و المسلمین آقامیری، پژوهشگر و نویسنده
11. حجت الاسلام و المسلمین خدادادی، استاد مراکز تخصصی حوزه
12. حجت الاسلام و المسلمین فیروزه، استاد مراکز تخصصی حوزه
13. حجت الاسلام و المسلمین حسنی، استاد مراکز تخصصی حوزه و مراکز علمی نظامی
14. حجت الاسلام و المسلمین شبانی، پژوهشگر پژوهشگاه شاخص پژوهش اصفهان و استاد تفسیر
15. حجت الاسلام و المسلمین صرفه جو، پژوهشگر، نویسنده، روزنامه نگار، معاونت آموزش این مرکز
16. آقای مجتبی احدی نژاد، معاون پژوهش این مرکز و مسئول کانون ها و نشریات معاونت پژوهش حوزه علمیه قم

2- در بخش آموزش
در راستای گسترش فرهنگ قرآنی و قرآن¬شناسی- با رویکرد علوم انسانی- و نیازی که در این عرصه مشهود است، توصیه¬ی مراکز تحقیقی حوزه و برخی از علماء بر این بود که در مقطع سطح دو حوزه (کارشناسی)، پذیرای دانش-پژوهان علاقمند و مستعد باشیم.
بحمد الله، دوره ی اول پذیرش در سال تحصیلی (89-88) موفقیت¬آمیز و شایان تقدیر بود. از اینرو، با در نظر گرفتن این مهم و همچنین؛ استقبال فراوان از طرح مذکور، برآن شدیم تا در سال های تحصیلی (90-89 و 91-90 و 92- 91 و 93-92 و 94-93) نیز برای پذیرش طلاب مستعد اقدام کنیم تا جایی که خروجی های دوره اول تخصصی در عرصه تدریس، تبلیغ، تحقیق، وارد عمل شدند. و هم اکنون در مراکز علمی مختلف مشغول می باشند.
برخی از اساتیدی که در این مرکز به تدریس پرداختند:
1. مرحوم آیت الله احمدی فقیه یزدی
2. آیت الله مهدی احدی
3. حجت الاسلام و المسلمین مرتضی جوادی
4. حجت الاسلام و المسلمین حسین انصاریان
5. حجت الاسلام و المسلمین مفتح
6. حجت الاسلام و المسلمین دکتر مودب
7. حجت الاسلام و المسلمین دکتر گلستانی
8. حجت الاسلام و المسلمین دکتر رستمی
9. حجت الاسلام و المسلمین دکتر عسگر دیرباز
10. حجت الاسلام و المسلمین جواهری
11. حجت الاسلام و المسلمین دکتر سلطانی
12. حجت الاسلام و المسلمین کوشا
13. حجت الاسلام و المسلمین حسین زاده
14. حجت الاسلام و المسلمین قدیمی نژاد